자기자신의 경영방침과 의지에 따라 독자적으로 운영할 수 있는 독립점포에 비해 프랜차이즈 점포는본사의 영업전략과 가이드라인에 따라 운영되어야 하며, 그렇지 않을 경우에는 여러 가지 간섭이 따르게 된다. 그럼에도 불구하고 프랜차이즈 점포가 보다 더 선호되고 있는 이유는 사업의 위험이 낮기 때문이다. 즉, 시장에서 검증되고 성공한 '시스템'을 구입하는 것이다. 하지만, 프랜차이즈 형태의 비즈니스 중에도 제대로 시장에서 성공이 검증되지 않은 경우가 종종 있으므로 신중하게 선택하여야 한다. 아무래도 본인의 노력과는 상관없이 일정부분은 본사의 정책과 능력에 의존할 수밖에 없으며, 전체적인 프랜차이즈의 시장 경쟁력에 따라 자기의 사업이 한계를 가질 수 밖에 없다는 단점을 내포하고 있기 때문이다. 그러므로, 독자적이고 창의적인 성격의 사업주는 다른사람의 간섭없이 독립점포의 형태로 운영하면서 본인의 아이디어를 영업에 반영해 보는 게 더 나을지도 모른다.